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Abgesehen von Schliffen ist die Oberfläche der meisten REM-Proben uneben bis stark strukturiert, weil ja gerade in der hohen Tiefenschärfe einer der Vorteile der REM-Abbildung besteht. Die Probenrauigkeit macht sich in den Spektren meist als erhöhter Bremsstrahlungs-Untergrund bemerkbar und führt dadurch zu Fehlern in der quantitativen Auswertung. Durch eine Verkleinerung der bei der Analyse benutzten Vergrößerung lässt sich dieser Fehler minimieren. Bei stark strukturierten Proben kann es in Abhängigkeit von der zu analysierenden Probenstelle sogar zu einem deutlichen Signalverlust, bis hin zu fehlerhaften Analysen durch die Anregung unerwünschter Probenstellen (Spitzen und Kanten) kommen (relative Lage zum Detektor).
Die Vertrauenswürdigkeit der Analyse lässt sich kontrollieren, indem man z.B. die Normierung der berechneten Gewichtsprozente abschaltet. Liegen die unnormierten Werte der quantitativen Berechnung zwischen 90 und 110 %, ist der Fehler tolerierbar. Gleichzeitig ist aber zu prüfen, ob alle Elemente richtig identifiziert wurden.
Bei dem Vergleich des gemessenen Spektrums mit der Rekonstruktion durch das EDX-System lassen sich Abweichungen im Bremstrahlungsuntergrund und den Elementepeaks sehr schnell und einfach feststellen.