Neben dem Sputtern stellt das Bedampfen mit Kohlenstoff das meist angewendete Präparationsverfahren für nichtleitende Proben dar. In Fällen, bei denen die lokale chemische Analyse mittels EDX gefragt ist, kommt die C-Bedampfung mittels Kohlefaden oder Kohlestiften (Bradley Probenkopf) zum Einsatz. Egal welche Art von Kohlenstoffquelle genutzt wird, die Präparationsschritte sind bei beiden Verfahren gleich.
Zunächst wird die Probe evakuiert, dann folgt ein kurzes Ausgasen des Kohlefadens bzw. des Kohlestiftes, das sog. Konditionieren. Erst im Anschluss daran erfolgt der eigentliche Bedampfungsprozess, der oftmals in mehreren Schritten durchgeführt wird. Die Unterteilung in mehrere Bedampfungsschritte ist insbesondere dann notwendig, wenn die Probe thermisch sehr empfindlich ist, denn bei der C-Bedampfung handelt es sich im Gegensatz zum Sputtern um einen „heißen“ Prozess.
Ein längerer Bedampfungsprozess kann unter Umständen zur Schädigung der Probenstruktur oder der Probenzusammensetzung führen (partielle Verdampfung leichtflüchtiger Spezies etc.).
Eine direkte Schichtdickenmessung während des Bedampfungsprozesses mittels Schichtdickenmessgeräten wird durch die freiwerdende Wärmestrahlung der Kohlenstoffquelle erschwert. Als gängige Alternative kann beim Bedampfen ein Standard benutzt werden, den man für Vergleiche neben der Probe positioniert. Die schichtdickenbedingte Verfärbung eines polierten Messingblechs eignet sich hierfür sehr gut.